Алексей Сергушичев — Соединяем точки: использование графов для интерпретации биологических данных

Алексей — кандидат технических наук, руководитель группы по биоинформатике в лаборатории компьютерных технологий Университета ИТМО и JetBrains Research. Научная деятельность Алексея посвящена разработке эффективных вычислительных методов и решению сложных алгоритмических задач, а также применению этих методов и алгоритмов в самых актуальных областях биологии.

Генерация больших объемов экспериментальных данных стала нормой в современной биологии, но встал вопрос, как эти данные интерпретировать, чтобы делать биологические выводы. Один из подходов к этой проблеме — использование графа биологических взаимодействий. Для него можно сформулировать так называемую задачу поиска активного модуля: найти в большом графе всех биологически возможных взаимодействий небольшой связный подграф, специфичный к биологическому эксперименту.

Лектор рассмотрит несколько вариантов формулировки этой задачи и подходы к её решению, в том числе на основе сведения к задаче целочисленного линейного программирования и на основе алгоритма Метрополиса-Гастингса.