1 декабря 2016 года в 17:51:52 состоялся пуск РКН «Союз-У» с ТГК «Прогресс МС-04». До 382 секунды полет ракеты-носителя проходил штатно. После 382 секунды полета прием телеметрической информации прекратился. Штатные средства контроля не зафиксировали функционирование корабля на расчетной орбите.
В результате нештатной ситуации потеря ТГК произошла на высоте около 190 км над труднодоступной безлюдной гористой территорией республики Тыва.
