9 июля 2016 года первый транспортный пилотируемый корабль (ТПК) новой серии «Союз МС» успешно пристыковался к Международной космической станции (МКС). Корабль причалил к модулю «Рассвет» (МИМ1) российского сегмента МКС. Механический захват осуществлен в 7:06 мск.
Программой первого испытательного полёта ТПК «Союз МС» была предусмотрена двухсуточная схема сближения корабля со станцией. Операции по сближению и стыковке выполнялись в автоматическом режиме под контролем специалистов Главной оперативной группы управления российским сегментом МКС в Центре управления полётами (ЦУП) и российскими членами экипажа МКС. Экипажи МКС и ТПК приступили к выполнению операций по подготовке к открытию переходных люков и переходу экипажа корабля на станцию.
ТПК «Союз МС» доставил на МКС членов экспедиции МКС-48/49: российского космонавта Анатолия ИВАНИШИНА (РОСКОСМОС), японского астронавта Такуя ОНИШИ (ДжАКСА) и американского астронавта Кэтлин РУБИНС (НАСА).
