Сотрудники Еврейского университета в Иерусалиме и Министерства здравоохранения Израиля сообщили об обнаружении нового штамма коронавируса SARS-CoV-2, который возник в этой стране осенью прошлого года и имеет несинонимичную мутацию (нуклеотидная замена, происходящая в кодирующей последовательности ДНК) в спайковом белке — P681H — и четыре дополнительные синонимичные мутации: Nsp3: C7765T, Nsp12b: C13821T, Nsp16: T21111C и C29545A. Отчет опубликован на портале препринтов medRxiv.
Штамм P681H не связан с более высокими показателями инфицирования и был нейтрализован сыворотками вакцинированных пациентов, уточнили ученые. Однако он уникален для Израиля, за исключением двух последовательностей, происходящих из Палестины. «P681H встречается в образцах биожидкостей пациентов примерно в ноябре 2020 года. Эта мутация, предположительно, ускоряет распространение коронавируса нового типа, но не делает его более стойким к антителам и не усиливает симптомы», — объяснили биологи.
Секвенированный в Израиле с марта 2020 года по январь 2020-го геном SARS-CoV-2. Основные кластеры, содержащие мутацию P681H, — британский B.1.1.7 и израильский вариант P681H / © Neta S Zuckerman et al.
Фрагменты генома SARS-CoV-2 c мутацией P681H выявили с помощью полногеномного секвенирования в очистных сооружениях в девяти местах по всему Израилю. Образцы собирали один раз в месяц, с августа 2020 года по январь 2021-го. Поскольку мутация P681H также присутствует в варианте B.1.1.7 — так называемом британском штамме, — ее частота в некоторых регионах увеличилась с конца декабря, после того как B.1.1.7 впервые попал в Израиль.
Ученые особенно подчеркивают тот факт, что мутация уже встречалась с частотой в 5% в октябре 2020 года в Рахате на юге стране, а также с частотой в 98%, в ноябре, в Нетании и Хайфе, расположенных в центре и на севере. Речь идет о 181 последовательности, которая принадлежит линии B.1.1.50, но формирует уникальный локальный штамм, несущий мутацию P681H вместе с дополнительными мутациями.
«Эффективность нейтрализации антител против штамма P681H сравнивали с нейтрализацией других штаммов, циркулирующих в Израиле. Клетки VERO-E6 инфицировали, во-первых, израильским штаммом P681H, во-вторых, штаммом не-P681H из Израиля, а также штаммом B.1.1.7. Различные штаммы предварительно инкубировали образцами сыворотки, полученных от лиц, вакцинированных двумя дозами вакцины Pfizer. Результаты показали сопоставимую нейтрализацию сывороток против штамма P681H Israel, штамма B.1.1.7 и штамма, отличного от P681H», — пишут ученые.
Предположительно, P681H усиливает передачу вируса, однако на сегодня он не повлиял на рост заболеваемости Covid-19 и частоту госпитализаций. Биологи отмечают, что пока беспокоиться не стоит, тем не менее они продолжат наблюдать за дальнейшим распространением и накоплением мутаций в геноме этой разновидности.
